La quasi-totalité des exemples et exercices de ce cours sont issus du monde de la biologie ou de la médecine. Il n'y a rien de pire que de demander à des étudiants en biologie de calculer des suites de Fibronacci... Certains exemples sont issus de la bio-informatique (manipulation de séquence d'ADN ou de protéine), d'autres plus généralement de la biologie (classification et taxonomie, calcul de pH,...).
J'ai rédigé moi-même les cours et la plupart des exercices ; d'autres ont été trouvé sur internet (voir le cours d'introduction à la bioinformatique d'Aurélien Mazurie, le cours de Python Paris 7 UFR Biochimie de Patrick Fuchs et le cours d'Algorithmique et Programmation en Biologie L2 de Marie Beurton-Aimar).
TD / Cours :
Les TD / Cours comprennent à la fois du cours et des exercices.Cours 1 : introduction et les base d'Unix
Cours 2 : programmation Python : les nombres entiers, flottants et chaînes de caractères
Cours 3 : programmation Python : les conditions (if)
Cours 4 : programmation Python : les listes et les boucles (for, while)
Cours 5 : programmation Python : les fonctions
Cours 6 : programmation Python : les dictionnaires et les exceptions
Cours 7 : programmation Python : les fichiers, les exceptions, les modules
TD / TP :
Les TD / TP comprennent des exercices, à réaliser sur ordinateur.TP 1 : calcul de l'indice de masse corporelle, calcul de la clairance rénale, identification d'orchidées (corrigé)
TP 2 : transcription et traduction d'une séquence d'ADN, calcul du point de fusion de l'ADN (fichier avec les données)
TP 3 : calcul du point de fusion de l'ADN (non terminé lors du TP 2), recherche de motifs dans des protéines (fichier avec les données)
TP 4 : recherche de séquences d'ADN complémentaires, mise en couleur de séquences d'ADN (fichier avec les données)